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经过十数天的外交努力最终失败的日本政府，在英国方面的压力下最终屈服。3月1日，日本政发表了立刻从清国撤军的声明，声明非常简单，根本没有提到此前日军在清国所遭遇的失败，只是表示为东亚和平，并响应英法美各国之和平要求，日本将率先从清国撤军，以表达日本和谈之诚意。同时，在撤军完成撤军后，日本首相伊藤博文将亲自前往清国进行谈判。同日，日本政府正式下达撤军命令。入侵清国的日军全部放下武器，在清军的指挥下协调下，山东日军前往大沽、辽东日军前往大连登船回国。在太平洋舰队的不眠不休的打击下，日本失去了所有的能进行远洋运输的船支，撤军的任务只能由清国的货船来完成。已经失去一切的日本军人，每人仅带着五天的口粮向着各自的登船地点前进。
大连湾，日军第四师团长黑川通轨在与清军独立团长梁华殿进行“友好”的握手后，第一批登上回国的船支。上船前，黑川通轨被告知要多带干粮，尽量不食用船上的伙食。而且船主也被通知必须友好的将日军第四师团安全的送回日本。事实证明，这种提示的真的友好的表现。
相对日本第四师团，其它的日军日子就不好过了。首先就让日本人想不到的是，他们用来抬伤员的担架因为是从清国砍的木头做的，在把伤员抬上船后也被强行收缴，愤怒的日本兵在清军的枪管面前却是敢怒不敢言。曾经看到日本军队就溃散的清军，在接连获得对日战争胜利之后。已经再也不害怕日军了。日本兵面前的清军嚣张的神情和一言不和就搬出黑洞洞枪口，日本兵们相信清兵们真的敢开枪。
而苦难的日子还在后面。原本行驶三天就能抵达日本的运输船却足足开了六天，因为开到半路船坏了，只能停船修理。但就是这么一等，日本兵们随身携带的口粮就不够吃了。船上到是提供吃喝，不过当然是要收钱的。只是那价格真的让人无法接受，单说一个馒头你不用白面用杂粮做也就算了。还要卖上一两银子一个，肉包子是二两一个。其它的就更不用说了，日本兵们感觉自己遭到了无情的勒索怒火冲天的找到船主，却碰了个软钉子。
“我又没逼你们买，嫌贵可以不买嘛。”船主悠然的拿起个包子咬了一口。然后开始吧唧嘴。食物咀嚼的声音和肉的香味让饿了一整天的日本兵们再也忍不住。带队的军官被迫以军队的名议签下欠条，食物很少，为了给大日本帝国省钱，每个日本兵每天仅有一个杂粮馒头，也就是每个人一天一两银子的开销。因为除了人就没有其它的东西，所以每条船上带足足一千名日本兵。仅仅三天就是三千两银子呀。而且皇上还要额外给每条船发一个人二两银子的运费。虽然他们的这些船虽然隶属太平洋货运公司，虽然要向公司缴纳管理费用，但在船上卖吃食的钱可是扎扎实实的的落到自己口袋的。来回一趟就是三千两白花花的银子。船主们都笑疯了。
船主们在笑，因为他们扎扎实实的赚到钱了。但更高兴的是林永翔，因为他知道一些船主们不知道的事情，那就是皇上向日本政府收取的运输费是一个人二个英镑。兴奋之余。他已经开始联系德、法、意三国的船厂，他要为太平洋货运公司购买万吨级运输船。对于三年前皇上要求他占有太平洋全部货运量的五成的目标，如今他信心十足。
在“皇上圣明”的欢呼声中，抵达横须贺的运兵船主们拿着欠条立马找日本当局要钱。日本政府很快就付了钱，因为日本这边一天不付款，清国的货船一天不开出来，那么日军就无法完成撤军。那么清日之间的战争就不算是结束，那么清国的太平洋舰队虽然不再攻击日本沿海，但他们也将继续封锁日本列岛，那么早已粮食不足的日本列岛就要饿死更多人。
3月18日，随着日军最后一支部队离开清国国土，大清刚刚成立的外交部部长李鸿章就对外发表声明。日本政府从清国土地上的撤军行为正真表明了日本政府和谈的诚意，为此，清国将太平洋舰队全面从日本撤回，解除对日本列岛的封锁。
消息一出，英法德等各国的货船纷纷起航前往日本，战后的日本什么都缺，早一天抵达就意味着早一天获得利润。可谁也想不到的是，第一介抵达日本的货船正是长年走私日本的张朴芳。他早就等在日本外海，太平洋舰队离开的第二天，他就带着五艘装满粮食的货船抵达了大阪港。
3月20日，光绪发出上喻。为正真回复东亚和平，清日两国应当立刻展开具体的和谈进程，清国将委派大清外交部长李鸿章为全权代表与日本和谈，同时指定日本必须派首相伊藤博文做为唯一全权代表。谈判地点定于日本马关春帆楼三楼。
日本早就声明会由伊藤博文亲自谈判，但对于清国还要指定谈判人员颇为不满，但事实上却是改变不了什么。而清国朝廷中对于皇上强行要将谈判地点定在日本，朝中大臣几乎全部反对。纷纷上折言道：敌败，当乞俘来降，谈判地点当选清国国内为佳。但光绪不顾众议坚持如此安排。
3月21日，日本回应同意。同天，已经完成修复的北洋舰队接到命令，定、镇、来、经、靖、济六舰从各自维修港起航前往大沽集结。平远最终还是放弃了，伤的实在太重。最后被拆除，火炮和其它材料用来修复其它六舰。
“去日本，去马关。将那群东洋矮子曾经加诸这个国家、这个民族和你个人的耻辱一次性都给朕拿回来……”说着光绪双拳重重的砸在龙案上。想着离别前皇上狰狞的脸，李鸿章和唐绍仪在大沽登上了北洋舰队旗舰定远号。25日清晨。北洋舰队进入马关。李鸿章在马关受到伊藤博文恭谨的而热烈的迎接。
26日，清兵接管春帆楼，李鸿章一行检查了谈判地点及设施。27日清日谈判正式开始。结果还没等李鸿章提出条件，日本人就先不满意了。
“八嘎，为什么我大日本帝国的椅子比你们要低二寸？这是对大日本帝国的侮辱。”伊藤博文脸上涨的通红，他双手撑着桌子，义正严词的询问着李鸿章。
李鸿章悠然的喝了口茶。放下茶杯轻轻的说道：“少川，发报给皇上，就说大——日本帝国认为我们大——清国侮辱了他们，日本人不想谈。顺便通知北洋舰队，我们今晚就回国。”说完。李鸿章站起来就往外面走。
伊藤博文本来就畏惧李鸿章，在李鸿章面前伊藤博文也一直以学生相称。今天李鸿章的举动真的把伊藤博文吓住了，伊藤博文如何也没想到李鸿章连解释也不愿解释，抬起腿就走。如果他们真的发报回国，那按清国皇帝的脾气就会再次把太平洋舰队派来，加上已经修复的北洋舰队。那日本将永无宁日。
伊藤博文连忙拉住李鸿章的衣袖：“中堂大人，我们只是想要平等的进行谈判。”
李鸿章轻轻一挥手：“要么坐在这里用嘴巴谈，要么用大炮谈。你选一个吧。”
伊藤博文如同脱力般的坐下了。李鸿章脸上微微一笑。他终于明白皇上为什么非要锯掉二寸日本人的椅子。这是对日本进攻大清的报复，大清没有力量进攻日本列岛，就用这种方式宣布大清无可争议的胜利。也借着这种方式，在谈判开始前就打击日本的信心。为后面的谈判争取心理上的主动权。
李鸿章不知道的是，这所有的一切就是光绪出于狭隘的报复心里。在后世耻辱的地点，进行一场胜者的谈判。
谈判开始了，做为大清全权代表的李鸿章刚提出了大清的条件，就把日本人震到了桌子底下：第一，释放琉球国王并承认琉球主权、承认大清对琉球无可争议的宗主国权。第二从朝鲜撤军，承认朝鲜是大清藩属国。割让北海道，同时开放横滨作为通商港。第三赔偿大清战争赔款十亿两白银。
“这不可能。”伊藤博文没有丝毫犹豫的于与拒绝。
第一个条件到是可以商量，反正此刻琉球已经全境被占领，失去海军的日本也没办法夺回。至于后面的条件那是决不可能答应的。虽然只剩半个朝鲜，却早已被视为日本腾飞的基石，失去了朝鲜那日本在这次战争中将一无所获。清军有能力却不越过汉江收复汉城，这让日本政府看到了希望，日本之所以愿意和谈的最主要原因就是想保住最后的半个朝鲜，如今却在谈判桌上要回，这让日本人如何能够接受。北海道，占日本领土的五分之一。这要是割让给清国还不如直接投降算了。横滨，在东京湾内紧挨着日本首都东京。依照当前世界的习惯，一但开放为通商港，清国就有权要求在横滨驻扎一支舰队和一支陆军。日本未来的第一目标始终是清国，如果让清国在自家首都附近驻扎一支部队的话，那将来还怎么打。更别提那高达十亿两白银的战争赔款，如今日本连一亿两都拿不出来。因为清国的条件，谈判从一开始就陷入了僵局。
“我希望日本政府考虑清楚再做回答。”李鸿章下放话带着人就走了。清日之间的第一天谈判，仅仅只进行了十分钟就宣告结束。
清国开出的条件不仅吓傻了日本人，也震惊了英美德等各国公使。抛开其它的先不说，对于目前每年财政收入只有八千万两白银的清国而言，十亿两白银的战争赔款相当于12.5年的清国财收入。就让所人听闻此事的人都认为这不是真的。英国政府都认为即使英国遭到日本如此严重的攻击，也不会向日本索要如此高的赔款，因为日本根本拿不出来。而因为数年来在清国均未获得利益的俄国的尼古拉二世得知此事后，更是叫嚷道，清国皇帝是个疯子，为什么不直接要求日本并入清国版图好了。而德国威廉二世立刻召集众大臣，咬牙切齿的说道：不管清国最后能拿到多少赔款，你们想尽一切办法要从清国嘴里给我都扣出来。
同时法国意大利等国都纷纷打起了这笔巨大战争赔款的主意。
介于目前的形式，日本政府只能恳求英美介入。但清国巨大的利益使英美等国都纷纷表态，不会在双方取得谈判成果前介入战争。英国方面出于维持远东地区主导优势，主动担起联系清日双方的纽带。在英国的联系下，第二天清日双方的谈判代表再次聚集春帆楼，伊藤博文很爽快的答应下了第一个条件，但后两个条件也开始一点点的艰难的侃价过程。
不知什么时候，清国的和谈条件泄露了，日本民间一片哗然。和谈进行到第六天，依然无法达成意向的清日双方再次进行了一个小时的谈判后宣布休会。
春帆楼外满是愤怒的日本民众，在部分军官的鼓动下叫嚣着要将清日战争进行下去。日本的宪兵们排成的警戒线都差点被愤怒的人群冲散。此明满脸笑意的李鸿章缓缓踱步而出，在春帆楼外坐上软轿离开。这时的人群中一个满脸横肉的日本男子推开众人冲到前面，从怀中掏出一把手枪对着李鸿章的坐轿连开五枪。在一片惊叫声中，人群相互踩踏四下散开，而开枪的日本男子也被宪兵抓获。
闻讯而来的伊藤博文看到李鸿章走下软轿才出一口长气，就发现李鸿章左脸的鲜血已经流到胸前。